Il Consiglio di direzione è l'organo consultivo permanente della direzione degli ospedali regionali dell'EOC. L'Ospedale Regionale di Lugano è costituito da:
Emanuele Dati, direttore dell'Ospedale
Lorenzo Fauth, responsabile servizio risorse umane, vicedirettore
Prof. Dr. med. Marco Pons, direttore sanitario e capo Dipartimento di medicina
Prof. Dr. med. Paolo Merlani, direttore sanitario e capo Dipartimento area critica
Giovanna Pezzoli, responsabile servizio infermieristico
Prof. Dr. med. Alain Kaelin, direttore medico e scientifico Neurocentro della Svizzera Italiana
Prof. Dr. med. Pietro Majno-Hurst, primario e capo Dipartimento di chirurgia
Federico Mion, responsabile finanze e amministrazione
Stefano Cocchi, responsabile servizio qualità e sicurezza dei pazienti
Prof. Dr. med. Alessandro Ceschi, direttore medico e scientifico Istituto di scienze farmacologiche della Svizzera Italiana
PD Dr. med. Pietro Cippà, primario Nefrologia ed emodialisi