Il Consiglio di direzione è l'organo consultivo permanente della direzione degli ospedali regionali dell'EOC. Presso l'Ospedale Regionale di Mendrisio esso è costituto da:
Dir. Pierluigi Lurà, direttore dell'Ospedale
Dr. med. Brenno Balestra, direttore sanitario e primario di medicina
Dr. med. Ken Galetti, primario di chirurgia e capo dipartimento di chirurgia
Dr. med. Marco Grischott, primario di anestesia e capo dipartimento di area critica
Rosa Amalia Bernasconi, responsabile servizio infermieristico
Moreno Doninelli, responsabile servizio qualità e sicurezza dei pazienti
Paolo Pfahler, responsabile servizio amministrazione e controlling
Claudia Vascon, responsabile servizio risorse umane