Dal punto di vista clinico, l'Istituto garantisce – in stretta collaborazione con i pediatri sul territorio - un livello di cure altamente specialistico e uguale per tutti i bambini della Svizzera Italiana, indipendentemente dal loro luogo di residenza. Negli ambiti in cui la competenza specialistica cantonale non è sufficiente per garantire cure adeguate, l'Istituto intensifica le relazioni privilegiate già esistenti con cliniche e specialisti universitari della Svizzera.
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Pediatria EOC