Istituto Europeo di oncologia (IEO)
L'EOC e l'IEO hanno stipulato nell'ottobre 1996 un accordo di collaborazione clinico scientifica con lo scopo di sviluppare, nell'ambito dell'area di oncologia medica dell'IEO, modelli organizzativi e assistenziali innovativi, studi clinici e ricerche scientifiche con l'obiettivo di migliorare la cura delle neoplasie umane.
Istituto Nazionale per lo studio e la cura dei tumori (INT)
L'EOC e l'INT hanno stipulato nel marzo 2001 un accordo di collaborazione clinico scientifica in oncologia nell'ambito del "Progetto Montabone"; esso prevede l'istituzione presso l'INT di un'unità di farmacologia clinica il cui scopo è di sviluppare la valutazione clinica e preclinica di nuovi farmaci antitumorali.
Southern Europe New Drug Organization (SENDO)
Il SENDO è stato costituito nel 1999 da parte dell'Istituto oncologico della Svizzera Italiana (IOSI) e da tre Istituti milanesi: l'Istituto di Ricerche Farmacologiche Mario Negri, l'Istituto Nazionale dei Tumori e l'Istituto Europeo di oncologia. Sono diventati in seguito membri del SENDO i centri regionali di ricerca oncologica di Bergamo, Chieti e Barcellona. SENDO è diventato il terzo polo di sviluppo preclinico e clinico dei nuovi medicamenti antitumorali in Europa.
Università degli studi dell'Insubria
Con accordo 21 febbraio 2006 lo Stato del Cantone Ticino, l'EOC e la Facoltà di medicina e chirurgia dell'Università degli studi dell'Insubria hanno stipulato una convenzione per la cooperazione nel settore della formazione medica.
Multimedica Holding SpA
L'EOC e la Multimedica SpA, presidio di Castellanza, hanno stipulato un accordo di collaborazione per la partecipazione al progetto Ospedale internazionale della donna.
Heilongjiang Academy of Traditional Chinese Medicine
Con convenzione 27 novembre 2006, l'EOC e la Heilongjiang Academy of Traditional Chinese Medicine hanno stipulato una convenzione di collaborazione nel campo della medicina tradizionale cinese.